COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 2.918552 2.918552 2.322640
2021-07-09 17:00:00 2.829401 2.829401 2.256994
2021-07-08 17:00:00 3.126682 2.047746 2.204579
2021-07-07 17:00:00 2.417714 2.417714 2.148166
2021-07-06 17:00:00 1.955500 1.955500 2.082269
2021-07-05 17:00:00 2.139991 2.139991 2.027954
2021-07-04 17:00:00 1.923810 1.923810 1.989326

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 1.812367 1.812367 2.871656
2021-07-09 17:00:00 2.846975 2.846975 2.802849
2021-07-08 17:00:00 5.163330 5.163330 2.786990
2021-07-07 17:00:00 3.424658 3.424658 2.768554
2021-07-06 17:00:00 2.917772 2.917772 2.748462
2021-07-05 17:00:00 1.871658 2.846975 2.697502
2021-07-04 17:00:00 1.460280 2.217295 2.622636

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 4.000000 4.000000 3.840009
2021-07-09 17:00:00 2.880658 2.880658 3.639568
2021-07-08 17:00:00 6.048387 6.048387 3.757043
2021-07-07 17:00:00 5.286344 5.286344 3.711682
2021-07-06 17:00:00 3.381643 3.381643 3.628876
2021-07-05 17:00:00 2.173913 0.444444 3.437473
2021-07-04 17:00:00 3.797468 2.654867 3.588496

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 1.019758 1.019758 1.934235
2021-07-09 17:00:00 2.683063 2.683063 1.858199
2021-07-08 17:00:00 2.968664 2.968664 1.818990
2021-07-07 17:00:00 2.027748 2.027748 1.797203
2021-07-06 17:00:00 1.305221 1.305221 1.749015
2021-07-05 17:00:00 2.040816 0.619718 1.698778
2021-07-04 17:00:00 1.552393 1.552393 1.701485

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 7.639142 10.458167 7.390447
2021-07-09 17:00:00 9.572215 9.572215 7.152993
2021-07-08 17:00:00 7.681366 7.681366 6.882151
2021-07-07 17:00:00 11.298207 6.518197 6.721218
2021-07-06 17:00:00 5.270864 5.270864 6.635895
2021-07-05 17:00:00 7.789233 3.525143 6.655572
2021-07-04 17:00:00 5.702436 5.702436 6.602548

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 7.328244 7.328244 4.586108
2021-07-09 17:00:00 6.966925 4.363125 4.534696
2021-07-08 17:00:00 6.791908 4.443642 4.483010
2021-07-07 17:00:00 4.108681 4.108681 4.400905
2021-07-06 17:00:00 3.023118 3.023118 4.321609
2021-07-05 17:00:00 8.226950 4.160689 4.292807
2021-07-04 17:00:00 4.605846 4.605846 4.283841

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 1.832461 3.740815 2.383751
2021-07-09 17:00:00 0.463594 2.344828 2.362235
2021-07-08 17:00:00 2.831595 2.831595 2.301786
2021-07-07 17:00:00 2.455357 2.455357 2.196870
2021-07-06 17:00:00 1.625000 1.625000 2.120232
2021-07-05 17:00:00 0.576369 0.576369 2.041892
2021-07-04 17:00:00 1.829268 1.829268 1.923633

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 6.738132 3.617917 3.387459
2021-07-09 17:00:00 3.737542 3.737542 3.304631
2021-07-08 17:00:00 4.444444 4.444444 3.219146
2021-07-07 17:00:00 3.676211 3.676211 3.136962
2021-07-06 17:00:00 1.428923 2.131961 3.026376
2021-07-05 17:00:00 3.336013 3.336013 2.909402
2021-07-04 17:00:00 2.618297 2.618297 2.862890

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 1.300650 1.300650 0.962459
2021-07-09 17:00:00 1.228324 1.228324 0.923093
2021-07-08 17:00:00 1.035599 1.035599 0.887339
2021-07-07 17:00:00 1.477105 1.477105 0.853673
2021-07-06 17:00:00 0.443599 0.443599 0.809822
2021-07-05 17:00:00 1.098901 0.517799 0.800991
2021-07-04 17:00:00 0.781250 0.781250 0.781899

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 2.003127 2.003127 1.360317
2021-07-09 17:00:00 1.915390 1.915390 1.311933
2021-07-08 17:00:00 1.995915 1.281099 1.270200
2021-07-07 17:00:00 0.885740 1.204606 1.237791
2021-07-06 17:00:00 1.150758 1.150758 1.210034
2021-07-05 17:00:00 0.846052 0.454951 1.184262
2021-07-04 17:00:00 1.109229 1.109229 1.159613

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 2.793296 2.793296 3.346261
2021-07-09 17:00:00 2.122905 2.122905 3.327746
2021-07-08 17:00:00 5.172414 5.172414 3.393581
2021-07-07 17:00:00 4.593640 4.593640 3.318170
2021-07-06 17:00:00 4.382022 4.382022 3.190598
2021-07-05 17:00:00 1.173021 0.425080 3.031547
2021-07-04 17:00:00 3.565217 3.565217 2.886668

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 0.000000 0.000000 0.323922
2021-07-09 17:00:00 2.427184 0.242718 0.300163
2021-07-08 17:00:00 1.226994 0.306748 0.305123
2021-07-07 17:00:00 2.312139 0.578035 0.313134
2021-07-06 17:00:00 0.000000 0.000000 0.298999
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.281543
2021-07-04 17:00:00 0.681818 0.681818 0.287569

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 inf NaN 4.343694
2021-07-09 17:00:00 9.677419 4.838710 4.242024
2021-07-08 17:00:00 2.551020 2.551020 3.986818
2021-07-07 17:00:00 3.333333 3.333333 3.726883
2021-07-06 17:00:00 5.660377 5.660377 3.620443
2021-07-05 17:00:00 1.234568 1.234568 3.501296
2021-07-04 17:00:00 3.809524 3.809524 3.338583

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 0.964187 0.964187 0.645686
2021-07-09 17:00:00 0.523560 0.523560 0.663453
2021-07-08 17:00:00 0.720721 0.720721 0.671259
2021-07-07 17:00:00 0.867679 0.867679 0.706186
2021-07-06 17:00:00 0.214133 0.214133 0.719082
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.709207
2021-07-04 17:00:00 1.077199 1.077199 0.703642

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 0.630734 0.630734 0.924242
2021-07-09 17:00:00 1.006289 1.006289 0.879543
2021-07-08 17:00:00 1.659423 1.659423 0.845851
2021-07-07 17:00:00 0.993271 0.993271 0.828293
2021-07-06 17:00:00 0.845948 0.845948 0.803950
2021-07-05 17:00:00 0.649070 0.649070 0.777451
2021-07-04 17:00:00 0.960846 0.960846 0.763837

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 2.192513 2.192513 2.830663
2021-07-09 17:00:00 2.318230 2.318230 2.825441
2021-07-08 17:00:00 4.364184 3.273138 2.844342
2021-07-07 17:00:00 3.066333 3.066333 2.805895
2021-07-06 17:00:00 4.344678 4.344678 2.829650
2021-07-05 17:00:00 1.425856 4.087452 2.752556
2021-07-04 17:00:00 5.341880 1.678416 2.767516

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 2.006533 2.006533 1.288461
2021-07-09 17:00:00 2.472128 1.211827 1.251274
2021-07-08 17:00:00 1.637427 1.637427 1.188102
2021-07-07 17:00:00 1.126126 1.126126 1.139175
2021-07-06 17:00:00 1.247031 1.247031 1.075014
2021-07-05 17:00:00 1.477833 0.468994 1.022289
2021-07-04 17:00:00 1.902174 1.902174 0.985680

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 4.617605 4.617605 3.957596
2021-07-09 17:00:00 5.784173 5.784173 3.865930
2021-07-08 17:00:00 4.547342 4.547342 3.754286
2021-07-07 17:00:00 2.710768 2.710768 3.632514
2021-07-06 17:00:00 3.442505 3.442505 3.484786
2021-07-05 17:00:00 2.255932 2.255932 3.373549
2021-07-04 17:00:00 2.888700 2.888700 3.327805

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 1.485149 1.485149 1.330207
2021-07-09 17:00:00 1.889500 1.889500 1.319775
2021-07-08 17:00:00 2.147099 1.267702 1.296121
2021-07-07 17:00:00 0.850270 0.966525 1.254990
2021-07-06 17:00:00 1.381410 1.381410 1.228537
2021-07-05 17:00:00 2.513795 0.966525 1.192815
2021-07-04 17:00:00 1.184147 1.184147 1.162956

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 3.744493 3.744493 2.021780
2021-07-09 17:00:00 3.117506 3.117506 1.941337
2021-07-08 17:00:00 2.663438 2.663438 1.815476
2021-07-07 17:00:00 1.310861 1.310861 1.722763
2021-07-06 17:00:00 0.192308 0.192308 1.644573
2021-07-05 17:00:00 1.898734 0.660793 1.564277
2021-07-04 17:00:00 2.650602 2.650602 1.504893

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 0.000000 0.000000 0.283332
2021-07-09 17:00:00 0.763359 0.000000 0.294655
2021-07-08 17:00:00 2.409639 0.602410 0.366078
2021-07-07 17:00:00 0.813008 0.813008 0.483509
2021-07-06 17:00:00 0.000000 0.000000 0.599714
2021-07-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.653863
2021-07-04 17:00:00 0.000000 0.000000 0.735006

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-10 17:00:00 4.467843 4.467843 3.699271
2021-07-09 17:00:00 3.141672 3.141672 3.646061
2021-07-08 17:00:00 2.750092 2.678408 3.545367
2021-07-07 17:00:00 14.598540 14.598540 3.464819
2021-07-06 17:00:00 3.128023 3.128023 3.341944
2021-07-05 17:00:00 3.501946 3.501946 3.257847
2021-07-04 17:00:00 2.475479 2.475479 3.172573

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.812367 1.812367 2.871656
Basilicata 4.000000 4.000000 3.840009
Calabria 1.019758 1.019758 1.934235
Campania 7.639142 10.458167 7.390447
Emilia-Romagna 7.328244 7.328244 4.586108
Friuli Venezia Giulia 1.832461 3.740815 2.383751
Lazio 6.738132 3.617917 3.387459
Liguria 1.300650 1.300650 0.962459
Lombardia 2.003127 2.003127 1.360317
Marche 2.793296 2.793296 3.346261
Molise 0.000000 0.000000 0.323922
P.A. Bolzano inf NaN 4.343694
P.A. Trento 0.964187 0.964187 0.645686
Piemonte 0.630734 0.630734 0.924242
Puglia 2.192513 2.192513 2.830663
Sardegna 2.006533 2.006533 1.288461
Sicilia 4.617605 4.617605 3.957596
Toscana 1.485149 1.485149 1.330207
Umbria 3.744493 3.744493 2.021780
Valle d'Aosta 0.000000 0.000000 0.283332
Veneto 4.467843 4.467843 3.699271

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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